Основан в XIX веке на склоне горы Физиабго. Тогда это был самый крупный и благоустроенный монастырь на Северном Кавказе. Кроме того, и по сей день, это самый высокогорный монастырь в Российской Федерации. Является памятником архитектуры.
Как и большинство монастырей края, Михайло-Афонская пустынь в двадцатом веке претерпела многое. Гонения, конфискацию, многочисленные переоборудования под нужды государства и даже полное уничтожение путём подрыва. Только в 2001-ом году монастырь был перестроен и вернулся под крыло Русской Православной Церкви.
На территории монастыря расположено несколько храмов, братская могила инвалидов, расстрелянных немецкими оккупантами в годы ВОВ, стройки ещё большего количества храмов, трапезная, святые источники. Неподалёку расположены пещеры, в которые уходили молиться монахи. Также туристов кормят и поят вкусным монастырским чаем с блинчиками.