Впервые Скельскую пещеру прошел местный учитель Э. Кириллов в 1904 году, а с 1964 года Скельская пещера находится под охраной закона, как памятник природы. Протяженность исследованных ходов 670 метров.
Пещера образовалась в результате тектонических процессов и действия подземных вод, протекавших несколько миллионов лет тому назад в известняковых слоях. В результате природных явлений верхний свод обвалился и образовался большой зал, разделенный впоследствии на меньшие комнаты натечными образованиями. В Скельской пещере было найдено множество костей вымерших зверей: крымского сайгака, лесного кота и других. Также пещера отличается хорошо сохранившимися кальцитовыми натечными образованиями. Скельская пещера насчитывает три уровня и несколько залов.
Традиционно пещеру делят на несколько залов. Первый зал Скельской пещеры носит название «Каминный зал», поскольку наплыв очень напоминает камин. Здесь же и своеобразный страж пещеры – солидный сталагмит.
Вторая площадка – наиболее красивый и наибольший из залов. Длина зала 80 метров, ширина 10-18 метров, высота свода 25 метров.
Третий зал – это Рыцарский зал, получивший название из-за семиметрового сталагмита, напоминающего рыцаря с копьем. Это самое примечательное место во всей Скельской пещере.
Четвертую площадку называют залом Приведений. Начинающиеся здесь 25-45-метровые колодцы, соединяют несколько верхних залов Скельской пещеры с формирующимися нижними этажами. Нижние узкие галереи уникальны тем, что по ним струятся реки, образуя подземные озера с глубиной 70 метров. Эти реки и озера питают водой Байдарское водохранилище.
Пещера внесена в книгу рекордов Крыма, потому что здесь обитает огромное число насекомых и млекопитающих, которые встречаются только в этой пещере.
Скельская пещера находится на 350 метров выше уровня моря. В верхних залах температура держится постоянно в районе 12 градусов, а в нижнем – 9 градусов. Температура воды – 8 градусов.